SANGARE Awa

Sujet de thèse : Résistance génétique et stimulation des défenses de la plante pour contrôler trois agents pathogènes de la tomate

• Contexte : Cette thèse s'inscrit dans le cadre du Projet Cap Zéro Phyto (Adaptation du concept d'immunité écologique à la protection des cultures : Rosaceae et Solanaceae) en réponse à l'appel à projet du programme prioritaire de recherche (PPR) « cultiver et protéger autrement ». Le projet Cap Zéro Phyto a pour objectif de proposer de nouvelles stratégies de protection des cultures basées sur l'utilisation combinée de leviers immunitaires destinés à moduler les mécanismes de défense des cultures, avec pour objectif final de développer des systèmes de culture ‘zéro pesticide' pour réduire l'impact négatif de ces produits sur la santé publique et sur l'environnement.
• Objectifs de la thèse : Cette thèse proposée par les unité Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL) et Pathologie Végétale (PV) d'INRAE Avignon porte sur l'étude de deux leviers immunitaires pour lutter contre des champignons pathogènes de la tomate : la résistance génétique et la stimulation des défenses des plantes (SDP). La thèse comportera donc deux volets. Le premier volet consistera à cartographier des QTL (Quantitative Trait Loci) de résistance à l'oïdium et à la pourriture grise dans des descendances F2 de tomate. Le/la doctorant(e) réalisera les tests de résistance, les extractions d'ADN et les analyses des données de génotypage, pour construire des cartes génétiques et y localiser les QTL de résistance. Le second volet de la thèse consistera à analyser les mécanismes de défense mis en jeu par l'application de stimulateurs de défense des plantes (SDP) vis-à-vis de l'oïdium, du mildiou et de la pourriture grise. Le/la doctorant(e) analysera des données de transcriptomique et de métabolomique et mettra en place un dispositif pour cartographier les locus impliqués dans la variation de réponse à certains SDP, par génétique d'association.
• Encadrement : Cette thèse sera co-encadrée par Marc Bardin (DR2 INRAE, HDR – Pathologie Végétale) et Bernard Caromel IEHC INRAE – GAFL). Elle bénéficiera des contributions de plusieurs partenaires scientifiques et techniques impliqués dans le projet Cap Zéro Phyto.