Le pôle étiologie de la plateforme PROPHYLE propose des solutions face à des maladies émergentes ou mal expliquées, principalement rencontrées par les professionnels de terrain.
Il met en œuvre une démarche rationnelle de diagnostic du terrain au laboratoire afin de distinguer les problématiques d’origine biotique des désordres abiotiques par l’observation des symptômes, la prise en compte du contexte cultural, la mise en œuvre d’analyses au laboratoire et l’utilisation des ressources bibliographiques disponibles.

Diagnostic et étiologie des maladies des cultures

En réponse aux demandes d’expertise, le pôle étiologie propose un diagnostic de « première intention » suite à l’envoi de photos et/ou d’échantillons pouvant aboutir à des prestations ou des projets de recherche. Un large panel d’outils disponibles peut être mobilisé :

• Observation visuelle : microscopie optique et électronique
• Inoculation de plantes indicatrices
• Isolements microbiologiques
• Identification sérologique (ELISA, test bandelette)
• Identification moléculaire (PCR, séquençage…)

Figure : Etiologie de la fusariose vasculaire de l’aubergine
- altération chancreuse sur tige avec formation de coussinets cotonneux crèmes à rosés (sporodochies) produisant de nombreuses spores (en haut à gauche),
- développement de colonies de Fusarium oxysporum f. sp. melongenae après isolement microbiologique à partir des vaisseaux symptomatiques (en haut à droite),
- observation des spores de Fusarium oxysporum f. sp. melongenae au microscope optique (en bas à gauche),
- reproduction des symptômes après inoculation sur jeunes plants d’aubergine (en bas à droite).

Ressources en matériel biologique

Dans le cadre de ses thématiques de recherche, l’unité Pathologie végétale développe et gère des collections d’agents phytopathogènes correspondant à ses domaines d’expertise : bactéries, champignons et virus. Le pôle étiologie propose :

• L’isolement et la mise en collection d’agents pathogènes à partir d’échantillons
• La fourniture d’isolats d’agents pathogènes de la collection, mais aussi d’insectes vecteurs (puceron) et de témoins positifs (par exemple des extraits d’ADN ou d’ARN)
• La production d’inoculum de champignons et de bactéries

Ressources au service du diagnostic

Le pôle étiologie propose également :

• Des formations sur le diagnostic qui peuvent comprendre des sessions théoriques en salle et des sessions pratiques d’observation sur le terrain et d’examen d’échantillons au laboratoire.
• L’accès gratuit à des ressources d’aide au diagnostic via les applications ephytia, consultables sur le Web et téléchargeables sur les plateformes mobiles Apple & Play Store. Vous accéderez ainsi :
  • à plusieurs applications en santé des plantes permettant notamment d’aider à identifier les maladies et ravageurs grâce à une proposition de diagnostic multicritères, de connaître leur biologie et enfin de choisir des méthodes de protections pertinentes ;
  •  à Di@gnoview : service de diagnostic à distance gratuit par envoi de photos numériques, et retour d’avis d’expert par mail.