Etiologie et diagnostic des maladies des plantes associés aux agents pathogènes émergents

Du fait de notre expertise sur les quatre principaux groupes de micro-organismes phytopathogènes (bactéries, champignons, oomycètes, virus) ainsi que sur les insectes vecteurs de virus, notre unité est particulièrement impliquée dans l’étiologie des maladies des cultures maraîchères, fruitières et ornementales. Les objectifs sont d’identifier et de caractériser des bioagresseurs émergents, ré-émergents, atypiques et/ou dommageables pour les cultures.
Ces études d‘étiologie constituent une étape essentielle avant de s’intéresser à d’autres enjeux scientifiques et notamment ceux reliés à la compréhension des épidémies et la dynamique évolutive des populations de bioagresseurs pour une gestion optimale des maladies qui leur sont associées

Cet axe thématique contribue à maintenir :

• notre réactivité face aux sollicitations et remontées d’informations provenant des professionnels du secteur horticole
• une veille sanitaire qui nous permet d’identifier et de développer plus rapidement des leviers d’action pour contrôler les maladies des plantes (outils de diagnostic, prophylaxie, identification de sources de résistance et d’agents de biocontrôle).
   

Les 3 principaux objectifs de cet axe visent à :

Identifier / caractériser les agents pathogènes

Parmi les exemples récents, des travaux conduits en étiologie s’intéressent à des maladies particulièrement dommageables dans différentes cultures :

• tomate (chancre bactérien associé à Clavibacter michiganensis, pourriture associée à Botrytis cinerea, tomato brown rugose fruit virus),
• cucurbitacées (tomato leaf cul New-Delhi virus),
• ail (fusariose),
• piment (variants de cucumber mosaic virus dans le bassin d’Espelette) …

Améliorer le diagnostic par le développement d’outils de détection pour une meilleure anticipation et surveillance des risques, et en particulier :

• Amplification moléculaire (RT-PCR, qPCR, LAMP, PCR digitale…) ciblant des matrices variées (plantes, insectes vecteurs, supports inertes) et dont certaines techniques sont applicables sur le terrain
• Séquençage haut-débit  avec pour objectifs :
  • l’exploration du virome des plantes cultivées et des plantes réservoirs (technologies Illumina, MinION)
  • l’étude du polymorphisme viral intra-hôte à différentes échelles (plante, parcelle, bassin de production…)
  • la compréhension de la dynamique intra-plante des microorganismes afin d’évaluer leurs paramètres évolutifs (sélection, dérive génétique)
  • l'analyse de la diversité et de la structure de populations de microorganismes au sein de divers substrats (e.g. rameaux, bourgeons, sol) et supports de dissémination (e.g. eau de rivière)

Maintenir des liens forts avec les partenaires  professionnels et académiques pour leur proposer notre expertise :

• une prise en charge d’échantillons pour rechercher la cause des maladies
• la diffusion d’informations via le portail INRAE e-phytia
• des formations techniques (e.g. microscopie électronique et photonique)